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等位基因（英语：allele），又称对偶基因，是染色体内的基因座的可以复制的脱氧核糖核酸DNA序列，其在细胞有丝分裂时的染色体上的两个基因位点是对应排列的，故在早期细胞遗传学里称其为等位。在一个生物体里，某个基因的“基因型”是由该基因所拥有的一对等位基因所决定。等位基因两个位点来自父辈和母辈的遗传，其基因型决定了生物的“表现型”。
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